连年来安捷影音在哪下载，ATAC-seq 和 CUT&Tag 已然成为研究染色质结构的热点期间妙技。
ATAC-seq（Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high throughoutsequencing）摆布 Tn5 酶的转座特质，匡助咱们了解怒放染色质，转录因子印章和核小体的定位。
而相同使用 Tn5 转座酶的 CUT&Tag 期间则是摆布靶标抗体匡助咱们了解卵白质-染色质的相互作用关连。
这两种期间妙技因其操作浅易，且或者结合 NGS 测序，是以受到强大科研使命者的爱好。
了解更多有关内容
① 什么是 ATAC-Seq？实验旨趣？近期应用和冲破？看完这篇秒懂！
② 扒一扒！CUT&Tag 的前世今生
由于测序所需的期间和财富资本比较高，是以许多研究者，及测序公司在上机测序前，会对构建好的文库进行上机前质检，从文库的浓度，到文库片断大小进行全所在的检测。
但由于许多敦厚对文库质检了解甚少，是以对于文库片断应该是什么状貌，以及测序量该若何判断充满了疑问。
与其他测小序库比较，ATAC-Seq 和 CUT&Tag 文库的质料评判愈加具有不笃定性，因为不同的样品类型或不同的预处置之间可能有极度大的相反。
ATAC-seq 和 CUT&Tag 的文库利害从齐备的细胞核或齐备的细胞中制备，转座体通过核膜或细胞膜参加到染色质里面进行转座反应，并将测序讨论序列与片断化的 DNA 相攀附。
这种可及性会受到细胞类型、细胞数目、细胞活性、细胞结团以及转座体与 DNA 的相对浓度的影响，其结果可能使得文库片断的数目和大小存在很大的相反。是以咱们的客户会利害问说念：「我的文库看起来是开阔的吗？或者延续往下测序吗？」。
底下咱们将提供一些来自咱们 ActiveMotif 研发部、表不雅期间职业团队和期间解救团队在往时几年中转头出来的一些技巧和教训，匡助您分析您的文库。
片断大小的分析
为了评估 ATAC-Seq 和 CUT&Tag 文库，咱们冷漠在文库扩增后，使用 DNA 片断分析仪，如安捷伦 TapeStation 系统与 D1000 Screen Tap Assay 或安捷伦 Bioanalyzer 与 DNA 1000 Chip 查验片断分散。
片断的电泳图可以很好地理会片断的大小和它们的峰形，最好是接纳离别率小于 1000bp 的检测样子。
ATAC-Seq 文库的质检
真核生物的染色质基本结构单元是核小体，由 147bp 的 DNA 缠绕在组卵白八聚体上，核小体与核小体之间由 20-90bp 的 DNA linkers 所集合。
染色质 DNA 与组卵白的雅致或松散缠绕状态完了着基因的抒发。
在 DNA 与组卵白相互作用较弱的染色质区域（怒放的染色质），转录启动子和增强子可以与 DNA 结合从而使转录发生。
在 DNA 与组卵白雅致结合的染色质区域，即禁闭的染色质，启动子和增强子区域被遮盖起来，转录因子无法识别并结合是以无法激活转录进程。
ATAC-Seq 摆布改造的 Tn5 酶或者参加怒放染色质 DNA 区域的特质，将 DNA 切割成片断并同期加上测序所需 adapter 序列。
转座进程可能发生在核小体之间 20-90bp 的攀附区的任何地方，从攀附区中产生 <90bp 的短片断，或核小体被夹在 Tn5 切割的 DNA 中间产生更大的片断。
这齐响应在 ATAC-Seq 文库 DNA 片断的大小上，文库扩增完成后，加多了 P5/P5 Illumina index，文库核酸片断包含原始 DNA 插入片断和来自 adapter 两头的 135bp 测序所需序列。
这就形成了从 200bp – 1000bp 傍边的文库片断，由于相邻核小体的周期性，片断堆积在 160-200bp 之间的峰值。
由于样品类型、细胞数目和样品处置的相反性，文库大小和体式在样本间可能有极度大的相反。这取决于细胞类型、它们的活性现象、细胞数目以及转座体与 DNA 的比例。
核小体峰的变化取决于 Tn5 切割 DNA 的频率。
现现在，咱们并莫得发现峰的数目或大小与讲究的测序数据之间有太大的关联。
而许多时候 DNA 文库的峰形看起来更像一个滑雪坡。
文库最热切的是在 200-1000bp 的畛域内看到一个讲究的片断分散，大部分在 600bp 以下。见底下的图 1。
图 1：ATAC-seq 文库峰形图（崭新 GM12878 细胞，100,000 cells）
对于转座反应
如果加入的 Tn5 酶不及以从细胞中获取染色质，或者是 Tn5 与 DNA 的比例太低，可能会使转座反应不充分，Tn5 无法高效的切割 DNA 获取理思畛域的 DNA 片断。这种情况一般被称为——Under-tagmentation，主要的片断蚁合在 800bp 傍边（如图 2 所示）。
大片断的过失在于它们在 Flow cell 上的聚类效果低，酿成低聚类密度和低产出。因为它们的测序效果不如较小的片断，是以需要更多的测序量来获取相通的遮蔽率。
图 2：Under-tagmentation ATAC-Seq 文库峰形图（大部分蚁合在 800bp-1000bp）
under-tagmentation 产生的原因是多方面的。
但最常见的是由于细胞核准备不充分，使得 Tn5 难以参加染色质。
咱们在组织样本中比在培养的细胞样本中更利害看到这种情况，可能是因为从组织中获取讲究的分离和悬浮的细胞核更为郁闷。
如果在文库中不雅察到 under-tagmentation 情况出现，请尝试以下一些冷漠：
确保在裂解缓冲液中彻底重悬（对组织进行均质处置）。
增长冰上的细胞裂解期间。
增长转座酶反应期间。
在裂解前加入罕见的 PBS 清洗，以防样品中的某些东西阻止了裂解。
另一个酿成 DNA 片断过大的原因可能是样实质料差，许多归天的细胞会开释过量的怒放的 DNA 在细胞悬液中，这些 DNA 会使 Tn5 的活性达到饱和，使其与染色质 DNA 结合的活性大大镌汰。
若思幸免这种情况，冷漠使用活性较高的崭新细胞，或者用 50